「幽霊を科学で解明！？」長谷部（ユースケ・サンタマリア）は寝ている最中、髪の長い女性が上に乗ってきて身動きが取れなくなるという体験をする。幽霊を見たと怯える長谷部に、それは金縛りだと一蹴する小比類巻（ディーン・フジオカ）と最上（岸井ゆきの）。
「死んだ人間を目撃したなんて、すべて脳の幻覚で説明できる」 最上は幽霊の存在を完全否定。一方、小比類巻は、街で見かけた亜美（本仮屋ユイカ）とよく似た女性を思い出すのだった。 そんな中、科学犯罪対策室は、島崎（板尾創路）の命令でテレビ出演することに。世の中に起きている不可解な現象を科学的に読み解く番組で、小比類巻と最上は科学の専門家として心霊現象の謎を解明するという役割を任される。
小比類巻たちはテレビ局を訪れ、番組プロデューサーの行武（東根作寿英）から説明を受ける。番組で取り上げるのは、山名ホテルという温泉旅館に現れるという“土竜の間の幸子さん”。13年前から、山名ホテルの土竜の間で幽霊の目撃証言が相次いだ。幽霊は“幸子さん”と呼ばれるようになり、そのせいで客足が遠のいてホテルは10年前に廃業したという。
目撃情報を元に描かれた幸子さんのイラストを見た長谷部は、驚愕。前の晩に見た女性とそっくりだという。しかし最上は、長谷部の思い込みだと切り捨てる。 「それが科学的見地ってやつ？つまんねえなあ」 心霊研究家の諏訪（ダイアモンド☆ユカイ）は、最上の見解を否定。彼は、幸子さんが長谷部に助けを求めて現れたのだと主張する。最上と諏訪は、真っ向から対立。最上は、幽霊や心霊現象はすべて幻覚だと現場で証明すると言い切る。さらに、勢い余った彼女は、もしも幽霊がいないと証明できなかったら「科学犯罪対策室を解散する」と勝手に宣言してしまう！
最上の暴走に困惑する小比類巻だったが、幽霊は本当に存在するのか、科学の力でハッキリさせたいと考えていた。あの時見たのは、亜美の幽霊だったのか…？ 番組収録の初日、小比類巻たちは廃墟と化した山名ホテルで心霊現象を観測することに。長谷部が被験者となって土竜の間でしばらく過ごし、小比類巻と最上、諏訪がモニタリングする。 不気味な部屋に取り残され、いつ幽霊が出てくるかとビクビクする長谷部。彼を見守るように、番組スタッフらしき女性（秋谷百音）もそばにいた。
それから数時間が経過した頃、土竜の間に足音が聞こえてくる。ついに幸子さんが現れた！？耳に痛みを覚えてパニック状態になった長谷部は、暴れた末に倒れてしまう！

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カフェで待ち合わせをしている最上（岸井ゆきの）。しかし、相手は一向に現れない。
小比類巻（ディーン・フジオカ）たち科学犯罪対策室は、女性の変死事件を捜査することに。街中で突然倒れて死んだ女性の死因は老衰と診断されるが、老人にしか見えない彼女の実年齢は35歳だった———！
女性の身元は、サイエンスライターの速水（栗山千明）。最上がカフェで待っていた相手であり、最上の大学時代の先輩だった。速水は最上に会いに行く途中、体が急激に老化して死に至った。
小比類巻と長谷部（ユースケ・サンタマリア）は、最上がショックを受けているのではないかと気遣う。平静を装う最上だったが、変わり果てた速水の姿を見て動揺する。
速水は、元ウイルス研究者で最上のかつての共同研究者でもあった。最上と速水は３年前に研究を中止して以来、会っていなかった。そんな速水から突然「直接会って話したいことがある」とメールが来て、最上は会う約束をした。
柴山（三津谷葉子）からの報告で、速水は未知のウイルスに感染していたと判明。最上は、その正体を即座に理解した。
「…プロメテウス・ウイルス」
それは、最上と速水が共同研究していたウイルス。プロメテウスは、人間に火を与え、光をもたらしたとされるギリシャ神話の神。
最上は小比類巻と長谷部に、速水との研究で起きた出来事を語り始める。最上が科学の世界から姿を消した真相が明かされる———！
自分たちが生み出し、封印したはずのウイルスが変異し、恐ろしい事件を引き起こしていると知った最上は、自分で食い止めなければいけないと決意。速水は最上を裏切り、秘かに研究を続けていたのか！？
そんな中、速水と同様に急激な老化で死んだ男性・河合（松本実）の遺体が発見され———！？
ついに明らかになる、最上の過去。封印したはずのプロメテウス・ウイルスがなぜ存在し、速水が老化して死んでしまったのか？　小比類巻たちは、危険なウイルスの拡散を止めることができるのか！？

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「死に誘うVRゲーム！？」
情報番組の生放送中に、お天気キャスターの吉田咲（中川紅葉）が飛び降り自殺した。彼女は特に悩んでいた様子もなく、自殺の兆候はまったくなかった。他にも突発的で不可解な飛び降り自殺が続発し、小比類巻（ディーン・フジオカ）は何か共通点があるのではないかと考える。
小比類巻と長谷部（ユースケ・サンタマリア）が捜査を進めると、自殺者はいずれも“ジョイン”というVRゲームのプレーヤーだったことが分かる。ジョインは、自分が選んだバディとVR空間内で遊ぶゲームで、バディにしたい相手の写真や動画を取り込むと3Dのアバターが作成されるという仕組みだった。
VR（仮想現実）は科学技術の光だと考える小比類巻は、VRに対する偏見を浸透させないように事件を早急に解決しなければと意気込む。最上（岸井ゆきの）は、VRには弊害もあると主張。一方、長谷部はVRについてもよくわかっていない。
そんな長谷部が、試しにジョインをプレーすることに。VRゴーグルを装着すると、長谷部は突然海岸に立っていた。海岸から扉を開くと、なぜか小学校の校庭へ導かれた長谷部は、バディに選んだ3年前に亡くなった愛犬の弥太郎と再会して大喜び！あまりにリアルなVRに長谷部はすっかり没入してしまう。
またしても不可解な飛び降りが発生。未遂に終わり一命を取りとめたのは岡澤まひる（天木じゅん）という地下アイドル。まひるもジョインのプレーヤーで、バディには亡くなった妹を選んでいたことが判明。
自殺を誘発する危険なゲームを作ったのは誰なのか？三枝（佐藤隆太）の情報によると、ジョインは非常にクオリティが高く、多額の開発費がつぎ込まれていると考えられた。ジョインの開発者は匿名化されていて、特定できない。小比類巻は、バディの再現に故人AIが使われていると推測。故人AIとは、過去の写真や動画を取り込んでAIで再現した死者と会話できる最新技術だった。
そんな中、小比類巻は聡子（石野真子）から、星来（鈴木凜子）が友達とケンカしたと聞かされる。友達に母親がいないのではないかと言われた星来は「ママはいるよ」と言い張り、争いになったという。
星来に亜美（本仮屋ユイカ）の死を理解させる必要があると思いつつ、自分自身でも受け入れられていない小比類巻。葛藤しつつも彼は、ジョインのVR空間に入る。すると、聞き覚えのある亜美の声が聞こえてきて———！
死んでしまった愛しい人と会いたい気持ちが死を招く！？最愛の亜美と再会するために危険なVR空間に迷い込んだ小比類巻は———！？

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「死に誘うVRゲーム！？」
情報番組の生放送中に、お天気キャスターの吉田咲（中川紅葉）が飛び降り自殺した。彼女は特に悩んでいた様子もなく、自殺の兆候はまったくなかった。他にも突発的で不可解な飛び降り自殺が続発し、小比類巻（ディーン・フジオカ）は何か共通点があるのではないかと考える。
小比類巻と長谷部（ユースケ・サンタマリア）が捜査を進めると、自殺者はいずれも“ジョイン”というVRゲームのプレーヤーだったことが分かる。ジョインは、自分が選んだバディとVR空間内で遊ぶゲームで、バディにしたい相手の写真や動画を取り込むと3Dのアバターが作成されるという仕組みだった。
VR（仮想現実）は科学技術の光だと考える小比類巻は、VRに対する偏見を浸透させないように事件を早急に解決しなければと意気込む。最上（岸井ゆきの）は、VRには弊害もあると主張。一方、長谷部はVRについてもよくわかっていない。
そんな長谷部が、試しにジョインをプレーすることに。VRゴーグルを装着すると、長谷部は突然海岸に立っていた。海岸から扉を開くと、なぜか小学校の校庭へ導かれた長谷部は、バディに選んだ3年前に亡くなった愛犬の弥太郎と再会して大喜び！あまりにリアルなVRに長谷部はすっかり没入してしまう。
またしても不可解な飛び降りが発生。未遂に終わり一命を取りとめたのは岡澤まひる（天木じゅん）という地下アイドル。まひるもジョインのプレーヤーで、バディには亡くなった妹を選んでいたことが判明。
自殺を誘発する危険なゲームを作ったのは誰なのか？三枝（佐藤隆太）の情報によると、ジョインは非常にクオリティが高く、多額の開発費がつぎ込まれていると考えられた。ジョインの開発者は匿名化されていて、特定できない。小比類巻は、バディの再現に故人AIが使われていると推測。故人AIとは、過去の写真や動画を取り込んでAIで再現した死者と会話できる最新技術だった。
そんな中、小比類巻は聡子（石野真子）から、星来（鈴木凜子）が友達とケンカしたと聞かされる。友達に母親がいないのではないかと言われた星来は「ママはいるよ」と言い張り、争いになったという。
星来に亜美（本仮屋ユイカ）の死を理解させる必要があると思いつつ、自分自身でも受け入れられていない小比類巻。葛藤しつつも彼は、ジョインのVR空間に入る。すると、聞き覚えのある亜美の声が聞こえてきて———！
死んでしまった愛しい人と会いたい気持ちが死を招く！？最愛の亜美と再会するために危険なVR空間に迷い込んだ小比類巻は———！？

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「遺体が蘇った…！？」
さまざまな科学研究を手掛ける笠森研究所で、遺体が自ら歩いて行方不明になるという事件が発生。小比類巻（ディーン・フジオカ）、最上（岸井ゆきの）、長谷部（ユースケ・サンタマリア）は、研究所のある山梨へ向かった。
「ありえないでしょ」と、死者の蘇りを信じない最上は、事件よりも、ほうとうと信玄餅に興味津々。長谷部もそちらに乗り気。そんな2人をよそに、事件に強い興味を抱く小比類巻。
笠森研究所には、研究に使用するための献体遺体が保管されている。遺体安置所の監視カメラには、不法侵入した動画配信者の八木（長谷川ティティ）と赤井（長村航希）が撮影中、遺体が起き上がって歩き出す様子が映っていた。その姿は、まさしくゾンビだった———！
蘇った遺体の身元は、末期がんで亡くなった土屋という男性。前日に入院先の病院で死亡確認された後、研究所に運び込まれた。
騒ぎを大きくしたくないという地元山梨県警の意向で、捜査は秘密裡に行われる。最上は、研究所で植物バイオテクノロジーの研究者・安田（華優希）と出会う。天才科学者として名高い最上に会えて、感激する安田。最上は、熱意を持って研究に取り組む安田と語り合う。
八木と赤井が警察に出頭。彼らの取調べに長谷部も加わる。まったく反省する様子のない２人に、長谷部が一喝。長谷部は有能な刑事として地元の刑事・笠井（長尾純子）にも一目置かれ、遺体の捜索隊の指揮を任される。大張り切りの長谷部だったが…！？
小比類巻は三枝（佐藤隆太）に情報を求めるが、死者の蘇生に関する情報は乏しく、三枝は代わりに、有名な心霊スポットの話をする。30年ほど前、笠森研究所近くにあった床屋の店主が自殺し、それ以来、夜になるとハサミを持った店主の幽霊が店先に出るようになったのだという。死者の蘇りは霊的なものが関係しているのではないかと熱弁を振るう三枝。「幽霊はないでしょう」と、珍しく小比類巻と最上の意見が一致する。
そんな中、歩く遺体の目撃情報が入る。目撃者の車のドライブレコーダーに映っていた映像から、遺体は土屋と確認される———！　死者の蘇りに隠された衝撃の真実とは！？

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「埋め込まれた脳内チップの罠！？」
人が真っ白な煙を噴き出して死ぬという奇妙な事件が発生した。小比類巻（ディーン・フジオカ）と長谷部（ユースケ・サンタマリア）は、スマホで撮影された事件の映像を見る。その様子は、まるで頭から魂が抜け出たかのようだった。
被害者は、プロeスポーツ選手の田中。彼はチームメイトの坂東、三ツ矢とともに試合を終えて打ち上げをしていたところ、店で数人の半グレたちに絡まれて外に連れ出され、鉄道高架下で暴行を受けた。その最中、突如田中は目と耳から煙を出して苦しみながら倒れた。暴行の主犯格・村田は逃亡。坂東と三ツ矢も、行方が分からなくなっていた。
田中は、暴行によって死んだのか、それとも他に原因が———？
捜査一課が村田を追う一方、科学犯罪対策室は田中の死因の究明に当たる。犯人逮捕に関われないのが面白くない長谷部に対し、小比類巻は「“魂”を追いかけるんです」と興味津々。小比類巻家の納戸に居候する最上（岸井ゆきの）も呼び出され、科学犯罪対策室が捜査を開始する。
田中の遺体を解剖した柴山（三津谷葉子）の報告によると、頭部にはマイクロチップが埋め込まれていて、このチップが発火したことによるショック死と判明。小比類巻と最上は、発火はなぜ起こったのか、その謎を解き明かしていく。
田中、坂東、三ツ矢は、埋め込んだチップで脳に電気刺激を与えることで、プロゲーマーに必要な能力を向上させたと考えられた。誰が田中たちにチップを埋め込んだのか？
厚労省の三枝（佐藤隆太）の情報から、ボディハッカージャパンという団体が関わっている可能性が高まる。団体の代表はカール・カーン（安藤政信）と名乗る人物で、科学の力で人間の進化を目指し“不老不死”を最終目標にしていた。
小比類巻たちは、圧倒的なカリスマ性を持つカール・カーンと対面。最上とカーンは、何か関わりがあるようで…。小比類巻の話を聞いたカーンは、自らの関与を否定し、ボディハッカージャパンに以前所属していた脳神経外科医・鮎川（今野浩喜）の名前を挙げる。
小比類巻たちは、鮎川が経営するクリニックを訪ねる。鮎川は田中たちにチップを埋め込んだことを認め、長谷部が任意同行を求める。所用を済ませると言う鮎川を小比類巻たちが待合室で待っていると、鮎川のいる院長室から火の手が上がり———！？
能力向上のための脳内チップが関わった怪事件。さらに捜査を進める小比類巻たちは、意外な事実にたどり着く———！
事件は、科学犯罪対策室の今後に関わる重要案件に発展！？

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警察庁内に「科学犯罪対策室」という新たな部署が誕生した。この部署を設立し、室長となったのは警視正の小比類巻（ディーン・フジオカ）。私生活では５年前に妻の亜美（本仮屋ユイカ）を亡くした後、シングルファザーとして娘の星来（鈴木凜子）を育てている。
頭脳明晰で、科学への造詣が深い小比類巻が、メンバーに指名したのは、なぜか科学に疎い、元捜査一課のベテラン刑事の警部・長谷部（ユースケ・サンタマリア）。自分が呼ばれた理由に釈然としない長谷部だったが、小比類巻は「私が必要だと思ったからです」と言うだけで、意に介さない小比類巻。そんな中「最初の事件」が発生する。
科学犯罪対策室が扱う最初の案件は、最先端のロボット開発を手掛ける神楽テクノロジーのCEO・安井が遺体で発見された事件。安井は、社内でロボットの動作確認を行うシミュレーションルームという密閉された空間で、意図的に「呼吸困難」にさせられ、殺害されていた。
小比類巻は長谷部とともに、被疑者を訪ねる。その被疑者とはAIロボットのLEO。神楽テクノロジーで開発された、最先端のAIを搭載した介護用ロボット。ロボット開発チームのチーフ郷原はLEOの犯行はあり得ないと全否定する。しかし、LEOが皆の目の前で「安井CEOは私が殺しました」と犯行を自供してしまう。前代未聞の「ロボットによる自供」。人間に危害を加えられないはずのロボットが自らの意志で殺人をすることはあり得るのか！？
事件解決の為、小比類巻はあらゆる分野の科学に精通する若き天才科学者・最上（岸井ゆきの）に捜査協力を依頼する。最上は３年前に突然科学界から姿を消し、現在は人里離れた掘っ立て小屋に暮らしながらウナギの養殖場で働いていた。はじめは興味が無いと拒否する最上だったが…。
小比類巻は、被疑者として正式にLEOの出頭を要請。前代未聞のAIロボットにへの取調べが行われることになるが…。しかし、そこに現れた最上が、ある「とんでもない行動」に出る——— 。
“想像できる未来は、全て現実となる”
最新科学が生みだした怪事件の数々が、ついに幕を開ける！

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